Si elige navegar a mar abierto, se maravillará de observar al tiburón ballena, durante los meses de mayo a septiembre, además de poder nadar junto a él; mientras realiza el recorrido hasta llegar al punto de espera de tan majestuoso especímen, notará que a un costado de la lancha le acompañarán algunos delfines y tortugas marinas.

Un tanto más cerca de la isla se encuentra otra más pequeña, Isla Pájaros, un refugio natural de aves de diversas especies que podrá observar al subir a los miradores que se han instalado a la entrada, pues está estrictamente cerrado el paso hacia el interior, esto para no alterar el ecosistema en el que están inmersos.

Otro buen lugar para relajarse y convivir con la naturaleza es la laguna y Cenote de Yalahau, aquí en las partes más alejadas, donde el pantano abunda, se encuentran algunos cocodrilos. En el camino del puente hasta la laguna podrá ver pequeños cangrejos corriendo a todos lados, al igual que en la orilla de la Holbox, en las partes bajas de los espigones se observan también algunos de mayor tamaño.

En últimas fechas, la isla está siendo poblada con simpáticos animalillos que sin duda ofrecen un tierno espectáculo a los visitantes, los mapaches sin duda harán de su estancia en Holbox una experiencia diferente.